Қазақстан Республикасының білім және ғылым министрлігінің қаулысы бойынша 1993 жылы Қазақ химия-технологиялық институтының ТЭХП кафедрасының құрамында жаңа «Биотехнология» мамандығы ашылды. Жаңадан ашылған мамандықтың негізін ТЭХП кафедрасының меңгерушісі, техника ғылымының докторы, профессор М.С. Сатаев қалаған Қазақстан бойынша ТЭХП кафедрасының барлық жұмыс-оқу жоспарлары және оқу-әдістемелік құжаттары алыс және жақын шет елдердегі жоғарғы оқу орындарының алдыңғы қатарлы жұмыс тәжірибесіне негізделіп жасалған.

           1996 жылы кафедраны К.С. Надиров химия ғылымының докторы, профессор басқарды. Мамандықтың өсіп дамуын ТЭХП кафедрасының қызметкерлері мен оқытушылары: Г.С. Рысбаева, А.А. Сапарбекова, А.Талдыбаева, О.П. Чечина, А.М. Есимова, Г.Т.Сейдалиева, Б.Ш.Кедельбаев, И.И. Афимина, Н.А. Приходько өз күштері мен үлестерін қосты.
2003 жылы 10-шы қыркүйегінде М.Әуезов атындағы ОҚМУ-нің ректоры т.ғ.д., профессор, ҰҒА академигі В.Қ. Бишімбаевтың бұйрығы бойынша «Биотехнология» кафедрасы құрылып, оның меңгерушісі болып б.ғ.к., Исаева А. тағайындалды, 2004 ж. х.ғ.к. Есимова А.М., 2005 ж. т.ғ.д., профессор Кедельбаев Б.Ш., ал 2009 ж. бері б.ғ.к. Сапарбекова А.А. кафедраны басқаруда.

           Мамандық ашылған уақыттан бері кафедраның дайындап, шығарған жүздеген мамандары Қазақстанның перспективті өнеркәсіптерінде Шымкент, Алматы, Астана, Степногорск қалаларында (ЖШС «Шымкент сыра», ГТО «Биотехнология», ЖШС «Кит иСо» және т.б.) жұмыс істейді.

           Қазіргі уақытта «Биотехнология» кафедрасы Химия-технологиялық факультетінің құрамына кіреді.

            “Биотехнология” кафедрасы Вена (Австрия) Вена университетімен, Хохенхайм (Германия) Ташкент химико-технологиялық институтпен, К.И.Скрябина атындағы Мәскеу мемелекеттік ветеренарлық және биотехнологиялық академиямен, Ташкент Мемлекеттік Аграрлық Университетпен, К.А.Тимирязев атындағы Ресейлік аграрлық мемелекеттік университеті Мәскеулік ауылшаруашылығы академиясы, Бүкіл ресейлік ғылыми зерттеу институты г.Санкт-Петербург, К.И.Скрябина атындағы Мәскеулік мемлекеттік академия ветеринарлық медицина және биотехнологиясымен, Ташкенттік мемлекеттік аграрлық университетімен бірігіп жұмыс істейді.

            Кафедра меңгерушісі б.ғ.к., доцент Сапарбекова А.А. 2011 жылдың сәуір,мамыр айында Хохенхайм университетінде Болашақ бағдарламасы бойынша ғылыми білім алмасудан өтті.

            Т.ғ.д., профессор Кедельбаев Б.Ш. 2008 жылдың қазан-қаңтар айларында Хемнитск техникалық университетінде, Хемнитс қаласында ғылыми-әдістемелік білім алды.

           Муталиева Б.Ж. х.ғ.к. аға оқытуъшы Темпус бағдарламалары бойынша 2010 жылдың ақпан айында Вена университетінде, 2011 жылдың сәуір айында Милтон, Кейнес, Лондон ашық университетерінде, сонымен бірге 2011 жылдың маусым айында Ургенш университетінде семинарлар өткізді.

            Кәсіби іс тәжірибенің сапасын жақсарту мақсатында кәсіпорындарымен ЖК «Білмаханбет», ЖСШ «КитСО», ЖСШ «Бек», АҚ «КазАгроинновация», АҚ «Алмас», Ф.М.Мухамедгалиева атындағы эксперименталдық биологияның ғылыми зерттеу институты, Алматы қ. «Республикалық ветеринарлық зертханада» филиалы Шымкент қ. ЖСШ «1-мамыр», МЦК «Акдала», ЖСШ «Зерде-Фито» (до 31.12.2012 г), ЖК «Сатаев» плодоконсервный завод, Лаборатория физико-химических исследований, центр «Сапа» при ЮКГУ им. М.Ауезова, Санитарный эпидемиологический надзор по ЮКО (до 31.12.2014 г) жаңа келісім шарттармен жасалынды.

            2006-2010 жылдары 2 докторлық (Кедельбаев Б.Ш., Утельбаева А.Б.) және 8 кандидаттық диссертациялар қорғалды.

            Есептік кезеңде кафедра оқытушылары 136 ғылыми жұмыстарын басып шығарды, сонда 1 оқытушыға орташа есеппен 13,8 мақалалар мен тезистер, баяндамалар шығарылды., олардың ішінде 2 мақала импакт-фактормен бірге (Рустенов А.А., Муталиева Б.Ж.), 26 – Республикалық басылымдарға, 13-басқа да журналдарға, жақын және алыс шет елдерде 11 мақала басылып шыққан, 18 ҚР мемлекет аралық конференцияларда, 1 Мемлеке ттік НПН РК, 57 Региональды конференцияларда басылып шығарылған. Оқытушылар мен институтпен бірігіп жұмыс істеушілердің НИР нәтижелері : Heat and Masstransfer (Муталиева Б.Ж.), «Жаршы», (Кансеитов Т.), Научный мир Казахстана (Приходько Н.А), ж. Нефть и газ, (Приходько Н.А., Надирова Ж.К., Муталиева Б.Ж.), Химический журнал Казахстана (Муталиева Б.Ж.), Наука и образование Южного Казахстана (Приходько Н.А., Надирова Ж.К.), Вестник КАСУ (Приходько Н.А) және басқа басып шығарылған.

            Биотехнология кафедрасында 2011 жылдың қыркүйек, желтоқсан айларында шетел оқытушылармыен бірге дәрістер оқылды.

            « 01.11.2011- 04.11.2011 ж. Вена университетінің профессоры П.Либерцайт студенттер мен магистранттарға 18 сағат дәріс оқыды. (№1 к договору 43-10\11 от 24 октября 2011 года).

            «РhD институтының иммундық ауруларының Медициналық Гарварлық мектебінен Наталья Бартенева 30 сағат дәріс оқыды. (келісім шарт бойынша 110-12\11 от 20.12.2011 г).

            «Елизавета Фаслер-Кан, РhD Университета прикладных наук Северо-Западной Швейцарии, ДНК технологиясы бойынша 30 сағат дәріс оқыды. (келісім шарт бойынша 105-12\11 от 20.12.2011г).